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如何选择NGS自动化检测系统?

作者:www.cechina.cn2015.03.02阅读 1972

  大规模NGS应用带来不仅仅是技术上的革新,相对传统更加复杂和精细操作,注定了这一技术将会更多地依赖自动化设备来完成。作为临检机构和近期崛起的众多第三方检测公司,在将NGS设备收入囊中之后,必然要考虑开始自动化样品制备系统的投入。只有将整个样品准备流程通过可靠的系统来完成,才能真正配得上是高质量的NGS检测流程。
  那么问题来了,什么才是一套称职的自动化系统?
  作为一套符合标准的NGS样品制备系统,最基本的要求就是能够提供符合标准的文库DNA,以浓度和片段大小作为考核的标准。
  而决定这一切的是试剂添加的精度。作为文库构建每步反应不可少的步骤,就是那微乎其微的几微升试剂所包含的酶或其他成分所带来的神奇而又精妙的变化。所以决定因素是最最基本的液体转移精度,尤其是10μL级别以下的精度。
  那么问题又来了,翻看任何一款这类移液产品的单册,大家都会看到每个厂家的产品都提供了让你精确到小数点后面N多位的精确度/准确度。眼花缭乱怎么破?
  不要过分相信精度参数!
  借用移液行业老大Eppendorf公司被奉为移液宝典的指导手册里面的一句话--任何移液精度都是由众多因素共同决定,而其中作为核心一条的就是各种属性不同的液体需要区别对待CONTROL ENGINEERING China版权所有,不能一视同仁!所以,想要在实际处理过程中轻松应对各类液体样品,没有几十年的移液产品生产经验,一般厂家是不明白个中奥妙的。所以,因为某些系统只能处理最单纯的水CONTROL ENGINEERING China版权所有,那么所列的参数也就只能看着呵呵。
  一个合格的系统,不但能自动完成把试剂转移到指定的目的地,还要像手工操作一样灵活处理各类粘性、挥发性样品,甚至还能做些更加人性化的吹吸混匀操作等,这样的系统才能堪称技术层面称职的自动化系统。
  同样的原因,基于液压式系统的不稳定表现控制工程网版权所有,在这方面也远逊于气压原理的系统。原因嘛,只要看看实验台上面的Eppendorf移液器就能明白了。更不用提某些在工作时“难舍最后一滴”的大型自动移液设备,简直是反面教材的典型啊。
  大通量测序最怕什么?污染!
  纷繁复杂但又有条不紊的高通量实验必须是安全的www.cechina.cn,任何交叉污染和携带污染的风险必须被降到最低。没有最基本的防污染措施的自动化系统就是一枚定时炸弹!在这方面,可以参考各个厂家提供的各类安全举措,例如:非接触加液、设备灭菌处理、是否内置空气过滤或是带有紫外功能。当然,为了躲避传统气溶胶污染杀手,带有滤芯的耗材也是自动化系统的首选。
  防止意外情况发生的贴心安全设计是考验一个厂家良心的时刻,因为这些设计为用户带来的防护是无法用简单的参数能表达的。
  任何自动化产品用户的噩梦都会包含以下场景:样品在试验过程中被凌空抛下;工作至一半时试剂不足;磁珠被枪头吸出;设备机械臂行走过程中“撞墙”等等。
  要实现真正让用户无忧的全自动NGS样品制备,一台自动化工作站需要具备德国汽车工业级别的周全安全设计。比如自带安全检测功能CONTROL ENGINEERING China版权所有,还有坚固稳定的硬件设计。只有那些真正设计齐全的产品,就算让你花宝马奔驰的价格,那也是为实验室配备了名副其实的宝马奔驰级的产品。
  再者,细节见真章。好的产品在细节上就可以看出厂家在设计之处煞费苦心。比如epMotion上的小小红外传感器,就像操作人员的眼睛一样,能识别试剂的多寡,样品的位置,甚至逆天到能探测出一根枪头里面带有滤芯或是枪头盒里面还剩几根枪头。优秀的产品仅仅从这样这个小小功能就足以让那些需要人员手工插枪头的自动化设备汗颜的。
  希望以上几点对选择一款真正称职的NGS自动化系统有所帮助。
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