由于本装置为工业试验装置，主要为大型工业装置的设计、生产收集数据，控制系统应保证装置连续、安全、可靠地运行，并能及时收集所需要的参数。装置采用性能优良、有长期成功运行经验的分散型控制系统(DCS)横河的CENTUM CS3000，并满足下列性能要求：1）高的可靠性；2）功能强化的操作站,人机界面友好；3）智能化I/O接口和强有力的运算控制功能；4）完善、可靠的系统软件及强有力的自诊断功能。
加热炉出口反应进料温度与燃料气的压力串级控制，第一反应器排渣顺序控制，加氢反应器压力与补新氢及放废氢的分程控制等投入自动运行。通过MODBUS通讯将安全联锁系统、备煤部分风扫磨煤机与热风炉的控制、酸性气焚烧炉部分的控制、可燃气体及有毒气体的检测四个独立设置的控制装置与DCS通讯，实现在DCS的集中监控。

      神华煤制油试验基地工程师李云说：“由于这套煤直接液化装置是为大型的工业化装置提供技术参数的试验装置，工艺多次变更，DCS组态也根据现场需要而修改。对我们仪表维护人员来说，横河CENTUM CS3000系统满足工艺要求，安全可靠且操作维护方便，组态简便，技术先进，系统功能强大，中文界面也是一个特色。”